（1）定量準確性： iTRAQ/TMT的定量準確性和重現(xiàn)性要明顯優(yōu)于Label-free， Label-free的樣本之間不能直接混合，導致定量的結果受到的影響因素多，因此定量結果的準確度較低；
（2）鑒定通量：Label-free通量相對較高，而iTRAQ/TMT由于標記基團的影響，鑒定通量較label-free低；
（3）修飾組學：label-free定量，修飾肽段的富集（即IP）是各組分開進行的，很可能造成富集的不平行，最終造成定量不準確。因此，我們通過加入內標肽段來歸一化以減少富集步驟引入的誤差。而iTRAQ/TMT標記的修飾組，修飾肽段的富集是各組標記、混合后同時進行的，所以不會存在富集的不平行。因此，修飾組的定量，iTRAQ/TMT方法的定量準確性優(yōu)于label-free；
（4）其它：目前泛素化修飾定量組學只能用label-free來做。。
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