全基因組重測序分析培訓(xùn)教程

想系統(tǒng)學(xué)習(xí)全基因組重測序常規(guī)分析方法！

想了解重測序在實(shí)踐中的應(yīng)用！

應(yīng)各位老師需求，百邁客特開辦重測序生信課程，面向全體科研工作者，系統(tǒng)學(xué)習(xí)全基因組重測序中常規(guī)分析內(nèi)容。課程設(shè)計(jì)覆蓋數(shù)據(jù)質(zhì)控、序列比對、SNP Calling、SNP 注釋、結(jié)構(gòu)變異等重測序常見分析內(nèi)容。

課程亮點(diǎn)：

1、豐富齊全的學(xué)習(xí)文檔，每一步驟每一代碼詳細(xì)列出

2、課上課下均可獨(dú)立操作的專門服務(wù)器

3、理論與實(shí)操相結(jié)合，系統(tǒng)學(xué)習(xí)遺傳進(jìn)化課程

4、免費(fèi)且長期的售后答疑群，保障學(xué)員課下學(xué)習(xí)

5、講師團(tuán)隊(duì)專注于動植物領(lǐng)域5年以上，具有豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)和培訓(xùn)經(jīng)驗(yàn)

為了讓大家更系統(tǒng)了解本次培訓(xùn)班的相關(guān)內(nèi)容，現(xiàn)將部分教授內(nèi)容展示如下：

數(shù)據(jù)質(zhì)控

測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量直接決定了數(shù)據(jù)分析的質(zhì)量及可靠性。低質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)往往導(dǎo)致分析結(jié)果出現(xiàn)異常或者分析結(jié)果中包含過多的假陽性假陰性結(jié)果。利用FastQC可以快速實(shí)現(xiàn)對大量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估并生成分析結(jié)果報(bào)告。分析的指標(biāo)完善，同時(shí)可以生成可視化的圖形報(bào)告，數(shù)據(jù)質(zhì)量結(jié)果一目了然。

SNP?Calling

GATK全稱是The Genome Analysis Toolkit，是Broad Institute（The Broad Institute, formerly the Broad Institute of MIT and Harvard, evolved from a decade of research collaborations among MIT and Harvard scientists.）開發(fā)的用于二代重測序數(shù)據(jù)分析的一款軟件，里面包含了很多有用的工具，主要注重與變異的查找，基因分型且對于數(shù)據(jù)質(zhì)量保證高度重視。GATK是目前業(yè)內(nèi)使用較廣的基因數(shù)據(jù)變異檢測工具。本次課程基于GATK的Best?Practices，實(shí)現(xiàn)從原始的比對結(jié)果開始，到最終的高質(zhì)量突變位點(diǎn)的完整信息分析流程。

SNP?注釋

SnpEff 軟件通過基因組結(jié)構(gòu)注釋數(shù)據(jù)（GTF/GFF文件），對VCF文件中的SNP/InDel信息進(jìn)行注釋，即主要解釋了SNP/InDel是否能夠?qū)幋a蛋白基因造成影響。SnpEff自帶大量已經(jīng)發(fā)表的基因組的信息，可以快速利用已發(fā)表的基因組信息進(jìn)行SNP/InDel位點(diǎn)的注釋分析。對于未收錄的基因組，SnpEff也提供了標(biāo)準(zhǔn)流程來構(gòu)建對應(yīng)的分析數(shù)據(jù)庫。

結(jié)構(gòu)變異

高通量測序數(shù)據(jù)除了可以分析SNP/InDel位點(diǎn)外，還可以利用雙端測序的中的插入片段長度信息和比對時(shí)出現(xiàn)的異常比對結(jié)果，對測序樣本中可能存在的結(jié)構(gòu)變異進(jìn)行分析。本次課程主要利用BreakDancer這款軟件進(jìn)行結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)的分析，軟件主要預(yù)測了五種類型的結(jié)構(gòu)變異：插入、缺失、倒位、染色體間和染色體內(nèi)易位，

課程內(nèi)容列表

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