百邁客與Oxford Nanopore公司合作：斥巨資引進(jìn)Nanopore全測(cè)序平臺(tái)！

北京百邁客生物科技有限公司與牛津納米孔公司（Oxford?Nanopore Technologies，簡(jiǎn)稱(chēng)ONT）達(dá)成長(zhǎng)期合作，將基于ONT平臺(tái)進(jìn)行產(chǎn)品開(kāi)發(fā)與應(yīng)用，為用戶(hù)提供更豐富優(yōu)質(zhì)服務(wù)。

百邁客與Oxford Nanopore 商業(yè)運(yùn)營(yíng)副總裁Richard ，中國(guó)區(qū)商務(wù)負(fù)責(zé)人Thomas及技術(shù)支持Lin與Eva一行合影

????????2018年8月7日，Oxford Nanopore產(chǎn)品中的PromethION平臺(tái)已抵達(dá)北京百邁客測(cè)序?qū)嶒?yàn)室。截止目前，百邁客已經(jīng)擁有Oxford Nanopore的MinION、GridION X5和PromethION全套Nanopore測(cè)序儀，投資金額超過(guò)3000萬(wàn)人民幣。PromethION作為Oxford Nanopore產(chǎn)品中的平臺(tái)，在設(shè)計(jì)不僅具備了實(shí)時(shí)、長(zhǎng)讀長(zhǎng)、直接測(cè)序等特點(diǎn)，在產(chǎn)量上還可能與市場(chǎng)上傳統(tǒng)測(cè)序儀相匹敵。在2018年初，Oxford Nanopore官方宣布單張PromethION測(cè)序芯片的數(shù)據(jù)產(chǎn)出超過(guò)150 Gb。而實(shí)際上，使用臨床樣本、植物樣本以及測(cè)試樣本的用戶(hù)也能夠獲得單張芯片100 Gb 的產(chǎn)出。作為Oxford Nanopore的重要合作伙伴，百邁客將基于PromethION/GridION平臺(tái)為客戶(hù)提供商業(yè)測(cè)序服務(wù)。

Nanopore MinION 測(cè)序儀

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Nanopore GridION?X5測(cè)序儀

Nanopore PromethION測(cè)序儀

ONT測(cè)序

????????ONT測(cè)序是基于電信號(hào)測(cè)序的技術(shù)，各平臺(tái)之間測(cè)序原理相同。DNA/RNA上不同堿基化學(xué)性質(zhì)存在差異，所以當(dāng)單個(gè)堿基或DNA分子通過(guò)納米孔通道時(shí)，會(huì)引起不同電學(xué)信號(hào)的變化。通過(guò)對(duì)這些信號(hào)進(jìn)行檢測(cè)及對(duì)應(yīng)，即可獲得相應(yīng)堿基的類(lèi)型，完成序列的測(cè)定。

Oxford Nanopore測(cè)序原理 圖1

????????Nanopore的堿基判讀是依據(jù)其電流信號(hào)而產(chǎn)生，因此其判定過(guò)程比較復(fù)雜。目前Nanopore根據(jù)電流的大小及電流大小的變化情況，通過(guò)“遞歸神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（Recurrent Neural Network）”的復(fù)雜算法對(duì)堿基進(jìn)行判讀。

Oxford Nanopore測(cè)序原理 圖2

Nanopore技術(shù)優(yōu)勢(shì)分析

????????相對(duì)于其他測(cè)序技術(shù)，Oxford Nanopore測(cè)序技術(shù)的樣本處理極其簡(jiǎn)單，無(wú)需DNA聚合酶或者連接酶，也無(wú)需dNTPs，因此其測(cè)序成本十分低廉，比其他測(cè)序技術(shù)更有可能實(shí)現(xiàn)1000美元基因組目標(biāo)。理論上Nanopore技術(shù)的測(cè)序平均讀長(zhǎng)能夠達(dá)到幾十到上百 Kb，最長(zhǎng)讀長(zhǎng)能達(dá)到2 Mb以上級(jí)別，能夠更好的解決復(fù)雜基因組組裝，結(jié)構(gòu)變異等一系列問(wèn)題?；贠NT平臺(tái)能直接對(duì)RNA/DNA進(jìn)行測(cè)序，獲得相關(guān)材料遺傳物質(zhì)的表觀修飾信息，為物種表達(dá)調(diào)控模式研究提供新的方法。

Oxford Nanopore各測(cè)序平臺(tái)比較

百邁客nanopore測(cè)序研究進(jìn)展

????????目前，百邁客已在MinION和GridION X5平臺(tái)上研發(fā)很長(zhǎng)時(shí)間，無(wú)論在測(cè)序讀長(zhǎng)還是在每個(gè)Flow cell產(chǎn)出上都取得了階段性進(jìn)展。

Oxford Nanopore平臺(tái)測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

同時(shí)，在基因組拼接上Nanopore也展現(xiàn)了不俗的實(shí)力，除了已發(fā)表的番茄、檀香及人的基因組測(cè)序組裝結(jié)果，百邁客也對(duì)某些物種做了組裝。其中某植物基因組大小為1.2?Gb，組裝Contig N50為2.58?Mb，最長(zhǎng)Contig?為12.72?Mb。經(jīng)過(guò)二代數(shù)據(jù)糾錯(cuò)后的基因組，Busco 評(píng)估完整性為93.54%，Illumina數(shù)據(jù)回比效率為98.5%。HiC熱圖評(píng)估發(fā)現(xiàn)組裝連續(xù)性極高，綜合說(shuō)明該基因組組裝質(zhì)量很高。

 

百邁客Nanopore相關(guān)測(cè)序服務(wù)產(chǎn)品正在火爆進(jìn)行中，歡迎體驗(yàn)！